本系為輔導學生，提供三種輔導機制：
重點科目輔導
程式設計課程
為提升資工系學生程式設計之能力，使之提升至將來應付高年級課業應有之水準，乃至因應將來升學或者就業之準備，修習程式語言C++或者JAVA之課程，做為程式設計入門基礎課程。
其中有專任教師二人各教授程式語言C++及JAVA課程，擔任授課、指派作業、出考試題及監督助教。專任助教配合授課教師分組上機輔導範例之實作、監督學生學習狀況、批改作業及考試。並有三名教學助理負責課後小老師輔導課，複習課程、互相討論、供學生提問問題。
實驗課程
數位系統實驗、微電子學實驗及微算機系統實驗三門實驗課程，設有專任助教及兼任助教配合授課教師實驗課輔導學生並監督學生學習狀況、協助講解實驗操作方式並回答學生上課實
其他核心科目專業課程
計算機概論課程、資料結構課程兩門重點科目課程，除專任教師專職負責授課、出考題之外，另有專任助教配合教師授課內容，在演習課程中講解習題作業、批改作業及平常小考複習。
兼任助教(教育部)
依據學校的「東海大學研究生助學金辦法」，於大學部各課程均安排研究生做為課程助教，協助課程老師監督學生學習狀況、批改作業及考試，並在課外之餘，可讓學生有提問問題的對象。
教學助理輔導(小老師)
依據學校的「東海大學教學助理獎學金辦法」，由大學部高年級學生甄選幾名成績優秀的學生擔任教學助理。教學助理於每週固定時段（約一至二小時）及教室，提供學弟妹課後輔導。輔導之科目有程式設計、計算機概論及微積分三門課程。
