| 課程 | 授課教師 | 修習系級 | 必選修 | 學分 |
| 4311 碩士論文 | 資工教師 | 資工碩2,3,4 | 必修 | 6 - 0 |
| 4312 專題討論（一） | 何建明 | 資工碩1 | 必修 | 1 - 0 |
| 4313 專題討論（一） | 楊朝棟 | 資工碩1 | 必修 | 1 - 0 |
| 4314 專題討論（三） | 林祝興 | 資工碩2 | 必選 | 1 - 0 |
| 4315 專題討論（三） | 張文貴 | 資工碩2 | 必選 | 1 - 0 |
| 4316 高等作業系統 | 呂芳懌 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4317 應用密碼學 | 林祝興 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4318 數位影像處理 | 黃育仁 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4319 數位內容應用 | 朱延平 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4320 生物計算 | 彭振興 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4322 多媒體設計 | 蔡清欉 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4323 電子影像技術 | 張真誠 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |
| 4324 高等電腦網路 | 羅文聰 | 資工碩1,2 | 選修 | 3 - 0 |